Todos os doutorandos cursam uma disciplina "Metodologia", obrigatória, e direcionada de acordo com a linha de pesquisa a que estão associados. A ênfase em disciplinas de metodologia se justifica pela necessidade de estudantes estarem capazes de dominar os principais aspectos da abordagem científica aplicando-os ao seu tema de interesse no doutorado. Espera-se intensa participação discente no doutorado, inclusive na organização de publicações ou atividades relevantes para o Programa.

Além de uma das Metodologias, o doutorando deverá cursar disciplinas para completar os 48 créditos exigidos, sendo possíveis aproveitamentos de créditos cursados no mestrado. Quando os 48 créditos estiverem cumpridos, o doutorando deverá manter seu vínculo com o Programa por meio da inscrição semestral na disciplina Elaboração de Tese.

Para prestar o exame de qualificação, o doutorando deverá comprovar a publicação (ou o aceite para publicação) de artigos relevantes para a área. Ele também deverá ter cumprido o Estágio de Docência de 30 h/a sob supervisão de um docente da IES, e conduzido um seminário.

O aluno aprovado no exame de qualificação, poderá solicitar à CPD sua inscrição para a defesa pública de tese. O prazo máximo para integralização do curso de doutorado é de 48 meses.